ادارہ معارف القرآن میں تمام سرگرمیاں ادارے کے تعلیمی نظام کو بہتر بنانے کے لئے سرانجام دی جاتی ہیں اور اللہ تعالٰی کے فضل سے ادارہ اپنے منفرد تعلیمی نظام کی وجہ سے دیگر اداروں میں ممتاز ہے۔
ادارہ کے نظام تعلیم کی نگرانی ادارہ کی مجلس تعلیمی کرتی ہے ، ادارہ کے ہر شعبہ کا مسئول اور ذمہ دار مجلس تعلیمی کا رکن ہے ۔مجلس تعلیمی درج ذیل امور کی مسلسل نگرانی کرتی ہے :

•    نصاب تعلیم کی ترتیب وطباعت

•    مقدار خواندگی

•    طریقہ تدریس

•    نظام امتحان

•    نظام داخلہ

ادارے کے قیام سے ہی بہترین نصاب کی تشکیل پرزور دیاگیا کیونکہ کسی بھی ادارے کی کامیابی کے لئے بہترین نصاب نہایت اہم ہوتا ہے۔

تعلیمی شعبہ جات

ادارے نے اپنے اغراض ومقاصد کو مدنظررکھتے ہوئے اپنےتعلیمی نظام میں قرآن کریم حفظ وناظرہ، میٹرک تک اسکول کی معیاری تعلیم اور علوم دینیہ کی ابتدائی تعلیم کو شامل کیا ہے۔چنانچہ ادارے کے تعلیمی نظام کے تین مستقبل شعبے ہیں ہرشعبہ کا تعلیمی نظام، طریقہ تعلیم، قواعد وضوابط اور طریقہ تربیت مختلف ہے۔

•    شعبہ حفظ قرآن مجید    (برائےطلبہ وطالبات)

•    شعبہ اسکول و علوم عصریہ    (برائےطلبہ وطالبات)

•    شعبہ درس نظامی و علوم دینیہ    (برائےطلبہ وطالبات)

تعلیمی سال اور سالانہ چھٹیاں

ادارے میں ہرہرشعبہ کے لحاظ سے ان کے تعلیمی سال متعین ہیں۔ شعبہ حفظ حفاظ اسکول درس نظامی کاتعلیمی سال شوال کے مہینہ میں شروع ہوتا ہے۔ شعبہ قاعدہ میں بھی تعلیمی سال شوال میں شروع ہوتا ہے لیکن اس شعبہ میں سال میں تین مرتبہ داخلے کیے جاتے ہیں۔
المعارف ہائی اسکول برائے طالبات میں تعلیمی سال  اپریل کے مہینے میں شروع ہوتا ہے،داخلے فروری کے مہینے سے شروع ہوجاتے ہیں۔
ہفتے میں6 دن تدریسی عمل جاری رہتا ہے بروز جمعہ ادارہ میں تعطیل ہوتی ہے۔
10/9محرم الحرام12/ربیع الاوّل اور14/اگست کو بھی تعطیل ہوتی ہے۔  

تعطیلات شعبہ حفظ

شعبہ حفظ میں سردیوں اور گرمیوں کی تعطیلات نہیں ہوتیں البتہ سالانہ تعطیلات20/رمضان سے10/شوال تک ہوتی ہیں۔عیدالاضحیٰ میں 13دن کی تعطیلات ہوتی ہیں۔
تعطیلات شعبہ حفاظ اسکول و درس نظامی
شعبہ حفاظ اسکول اور شعبہ درس نظامی میں سردیوں اور گرمیوں کی کوئی تعطیلات نہیں ہوتیں البتہ سالانہ تعطیلات۱۰/شعبان سے ۱۰/شوال تک ہوتی ہیں۔ عیدالاضحٰی میں۱۳/دن کی تعطیلات ہوتی ہیں۔